ミツタケ　アヨリ   MITSUTAKE AYORI   光武　亜代理    所属   明治大学  理工学部    職種   専任准教授
研究期間	2004
研究課題	RISM理論により溶媒効果を取り入れた第一原理からのタンパク質の立体構造予測
実施形態	科学研究費補助金
研究委託元等の名称	日本学術振興会
研究種目名	特定領域研究
科研費研究課題番号	16014222
キーワード	シミュレーティッド・テンパリング法, シミュレーション, レプリカ交換法, 水和, RISM理論, 拡張アンサンブル法, 構造予測, タンパク質のフォールディング
代表分担区分	研究代表者
代表者	光武 亜代理
概要	今年度は既存のタンパク質のソフトTinkerに3D RISM理論のアルゴリズムを取り込むプログラム開発を行った。また、Tinkerに拡張アンサンブル法を取組む作業も行った。これにより、3D RISM理論を用いた拡張アンサンブルシミュレーションができるようになった。3D RISM理論は計算時間を必要とするために、既存のコンピュータではフォールディングシミュレーションは難しいが、現在gridコンピュータを使ってこれを行おうとしている。昨年度から系として50000原子からなる水を取り入れた56残基からなる小タンパク質の分子動力学レプリカ交換シミュレーションも行っており、これも、現在進行中である。これらのデータの解析などを行うために、6ノード12cpuからなるクラスターを購入した。