教員データベース - 光武　亜代理

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（最終更新日：2021-08-26 13:12:34）

  ミツタケ　アヨリ   MITSUTAKE AYORI
  光武　亜代理
   所属   明治大学理工学部

職種専任准教授

■ 著書・論文

1.	2021/05	論文	Molecular Dynamics Simulations for the Determination of the Characteristic Structural Differences between Inactive and Active States of Wild Type and Mutants of the Orexin2 Receptor J Phys Chem B 6(125),4286-4298頁（共著）
2.	2021/03	論文	Universal relation between instantaneous diffusivity and radius of gyration of proteins in aqueous solution Physical Review Letters 126,pp.128101 （共著）
3.	2020/06	論文	Mutation-induced change in chignolin stability from π-turn to α-turn RSC Advances 10,pp.22797-22808 （共著）
4.	2019/11	論文	Analysis of molecular dynamics simulations of 10-residue peptide, chignolin, using statistical mechanics: Relaxation mode analysis and three-dimensional reference interaction site model theory Biophysics and Physicobiology 16,pp.407-429 （共著）
5.	2019/07	論文	Folding pathways of NuG2-a designed mutant of protein G-using relaxation mode analysis JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 151,pp.044117 （共著）
6.	2019/02	論文	Identification of slow relaxation modes in a protein trimer via positive definite relaxation mode analysis JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 150,pp.084113 （共著）
7.	2018/10	論文	Conformational change of a biomolecule studied by the weighted ensemble method: Use of the diffusion map method to extract reaction coordinates JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 149,pp.134112 （共著）
8.	2018/04	論文	Relaxation mode analysis for molecular dynamics simulations of proteins Biophys Rev. 10,pp.375-389 （共著）
9.	2018	論文	Analysis of Structural Stability of Chignolin JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 122,pp.3801-3814 （共著）
10.	2018	論文	Application of reference-modified density functional theory: Temperature and pressure dependences of solvation free energy J. Compt. Chem. 39,pp.202-217 （共著）
11.	2017/12	論文	Two-step relaxation mode analysis with multiple evolution times applied to all-atom molecular dynamics protein simulation Phys Rev E 96,pp.062408 （共著）
12.	2017	論文	Stability of Unfolded and Folded Protein Structures Using a 3D-RISM with the RMDFT J. Phys. Chem. B 121(42),pp.9881-9885 （共著）
13.	2016/06	論文	A reference-modified density functional theory: An application to solvation free-energy calculations for a Lennard-Jones solution Journal of Chemical Physics 144 （共著）
14.	2015/09	論文	Relaxation mode analysis and markov state relaxation mode analysis for chignolin in aqueous solution near a transition temperature Journal of Chemical Physics 143 （単著）
15.	2015/06	論文	A solvation-free-energy functional: A reference-modified density functional formulation Journal of Computational Chemistry 36,pp.1359-1369 （共著）
16.	2015/03	論文	生体系のシミュレーションのサンプリング手法及び解析方法の開発日本物理学会学会誌 70(3) （単著）
17.	2014/05	論文	Liquid-solid and solid-solid phase transition of monolayer water: High-density rhombic monolayer ice The Journal of Chemical Physics 140 （共著）
18.	2014/02	論文	学術賞受賞寄稿「多次元焼き戻し法の開発及び緩和モード解析とWHAM法の一般化による構造解析法の開発」分子シミュレーション研究会会誌"アンサンブル" 16(1),1頁（単著）
19.	2013/08	論文	New Computational Approach to Determine Liquid-Solid Phase Equilibria of Water Confined to Slit Nanopores JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 9(8),pp.3299-3310 （共著）
20.	2013/02	論文	Effective sampling algorithms and analysis method for biomolecular simulations The 4th International Symposium on Slow Dynamics in Complex Systems 1518,pp.598-601 （単著）
21.	2013/02	論文	Principal component relaxation mode analysis of an all-atom molecular dynamics simulation of Human Lysozyme J. Phys. Soc. Jpn 82,pp.023803 （共著）
22.	2012	著書	Biomolecular Simulations: Methods and Protocols （共著）
23.	2012	論文	Multibaric-multithermal ensemble study of liquid-solid phase transition in Lennard-Jones particles J. Phys. Soc. Japan 81,pp.SA014 （共著）
24.	2011/10	論文	Relaxation mode analysis of a peptide system: comparison with principal component analysis Journal of Chemical Physics 135,pp.164102(15 pages) （共著）
25.	2011/09	論文	Generalized-ensemble simulations in protein science Proceedings of MSSMBS 10 pp.46-60 （共著）
26.	2011/08	論文	Size dependent phase changes in water cluster Journal of Chemical Theory and Computation 7,pp.3083-3087 （共著）
27.	2011/03	論文	Multicanonical molecular dynamics simulation study of the liguid-solid and solid-solid transitions Lennard-Jones clusters The 8th ASME/JSME Thermal Engineering Joint Conference pp.T30089 （共著）
28.	2010/04	論文	多変数拡張アンサンブル法分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 12(2),29-35頁（単著）
29.	2010	著書	Multi-dimensional multicanonical algorithm, simulated tempering, replica-exchange method, and all that Physics Procedia/Recent Developments in Computer Simulation Studies in Condensed Matter Physics 4,pp.89-105 （共著）
30.	2009/08	論文	Simulated-tempering replica-exchange method for the multidimensional version Journal of Chemical Physics (Vir. J. Bio. Phys. Res. 18 (6) Quantum Mechanical Dynamics にも掲載） 131,pp.094105 （単著）
31.	2009/06	論文	Multidimensional generalized-ensemble algorithms for complex systems Journal of Chemical Physics 130(21),pp.214105 （共著）
32.	2009/04	論文	From multidimensional replica-exchange method to multidimensional multicanonical algorithm and simulated tempering Physical Review E (Vir. J. Bio. Phys. Res. 17 (8) Statistical and Nonlinear Physics にも掲載） 79,pp.047701 （共著）
33.	2008	著書	Combination of generalized-ensemble algorithms for protein folding simulations （共著）
34.	2007	論文	Combination of generalized-ensemble algorithms and reference interaction site model theory Condensed Matter Physics 10(4),pp.495 （共著）
35.	2006	著書	拡張アンサンブル入門IV 分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 8(2),8-15頁（単著）
36.	2006	論文	拡張アンサンブル入門V 分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 8(4),39-49頁（単著）
37.	2005	論文	Generalized-ensemble simulations of biomolecular system Biophysical J. pp.513A-513A Part 2 Suppl. （単著）
38.	2005	論文	拡張アンサンブル入門I 分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 7(2),11-17頁（単著）
39.	2005	論文	拡張アンサンブル入門II 分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 7(3),2-10頁（単著）
40.	2005	論文	拡張アンサンブル入門III 分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」 7(4),25-32頁（単著）
41.	2004	論文	Combination of the replica-exchange Monte Carlo method and the reference interaction site model theory for simulating a peptide molecule in aqueous solution J. Phys. Chem. B 108,pp.19002-19012 （共著）
42.	2004	論文	Generalized-ensemble Monte Carlo algorithms for simulations of proteins AIP Conference Proceedings:Slow Dynamics in Complex Systems, edited by M. Tokuyama and I. Oppenheim 708,pp.350-351 （共著）
43.	2004	論文	Replica-exchange extensions of simulated tempering method J. Chem. Phys. (Vir. J. Bio. Phys. Res. 8 (3) Protein Conformational Dynamics/Folding にも掲載） 121,pp.2491-2504 （共著）
44.	2003	論文	Molecular dynamics of C-peptide of ribonuclease A studied by replica-exchange Monte Carlo method and diffusion theory Chem. Phys. Lett. 380,pp.609-619 （共著）
45.	2003	論文	Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of small peptides II. Application to a more complex system J. Chem. Phys. (Vir. J. Bio. Phys. Res. 5(7) Fundamental Polymer Statics/Dynamics にも掲載） 118,pp.6676-6688 （共著）
46.	2003	論文	Replica-exchange multicanonical and multicanonical replica-exchange Monte Carlo simulations of small peptides. I. Formulation and benchmark test J. Chem. Phys. (Vir. J. Bio. Phys. Res. 5(7) Fundamental Polymer Statics/Dynamics にも掲載） 118,pp.6664-6675 （共著）
47.	2002	論文	A pH-dependent variation in alpha-helix structure of the S-peptide of ribonuclease studied by Monte Carlo simulated annealing Biopolymers 63,pp.273-279 （共著）
48.	2002	論文	Generalized-ensemble simulations of spin systems and protein systems Phys. Commun. 146,pp.69-76 （共著）
49.	2001	論文	Generalized-ensemble algorithms for molecular simulations of biopolymers Biopolymers (Peptide Science) 60,pp.96-123 （共著）
50.	2001	論文	Generalized-ensemble Monte Carlo simulations of peptides 物性研究 76,840-847頁（共著）
51.	2001	論文	拡張アンサンブル法によるタンパク質の折り畳みシミュレーション日本物理学会誌 56,591-599頁（共著）
52.	2000	論文	Helix-coil transitions of amino-acid homo-oligomers in aqueous solution studied by multicanonical simulations J. Chem. Phys.　 (Vir. J. Bio. Phys. Res. 1 (6) Protein Conformational Dynamics/Folding にも掲載） 112,pp.10638-10647 （共著）
53.	2000	論文	Multicanonical algorithm combined with the RISM theory for simulating peptides in aqueous solution Chem. Phys. Lett. 329,pp.295-303 （共著）
54.	2000	論文	Replica-exchange simulated tempering method for simulations of frustrated systems Chem. Phys. Lett. 332,pp.131-138 （共著）
55.	1999	論文	Alpha-Helix propensities of homo-oligomers in aqueous solution studied｡｡by multicanonical algorithm Chem. Phys. Lett. 309,pp.95-100 （共著）
56.	1999	論文	Classification of low-energy conformations of Met-enkephalin in the gas phase and in a model solvent based on the extended scaled particle theory B. Chem. Soc. Jpn. 72,pp.1717-1729 （共著）
57.	1998	論文	Temperature dependence of distributions of conformations of a small peptide J. Mol. Graph. Model 16,pp.226-238; 262-263 （共著）
58.	1996	論文	A method for calculating the eigenvalues of large Hermitian matrices by second-order recursion formulae Comput. Phys. Commun. 96,pp.217-231 （共著）
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■ 学会発表

1.	2017/03/19	リングポリマーブラシの静的・動的特性（日本物理学会2017年年次大会）
2.	2017/03/19	分子動力学法を用いたタンパク質の緩和モード解析II（日本物理学会2017年年次大会）
3.	2017/03/19	生体分子の分子シミュレーションから反応座標をどう抜き出すか？（日本物理学会2017年年次大会）
4.	2017/03/19	緩和モード解析による200残基程度の蛋白質のマイクロ秒程度の分子シミュレーションの動的解析（日本物理学会2017年年次大会）
5.	2017/02/14	Improved Relaxation Mode Analysis of a Hen Egg-white Lysozyme Protein（Biophysical Society 61st Annual Meeting）
6.	2017/02/08	Investigating Dynamics and Kinetics of Proteins by using Relaxation Mode Analysis（The Third Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches"）
7.	2017/02/06	Slow Relaxation Dynamics of Hen Egg-White Lysozyme Extracted by Relaxation Mode Analysis（The Third Korean-Polish Conference on "Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches"）
8.	2017/01/23	Relaxation Mode Analysis for Molecular Simulations of Proteins（JST-Bay Area Structural Biology Workshop）
9.	2016/12/01	緩和モード解析を用いた蛋白質のダイナミクスの研究（第30回分子シミュレーション討論会）
10.	2016/11/30	緩和モード解析による蛋白質系の遅い緩和ダイナミクスの抽出（第30回分子シミュレーション討論会）
11.	2016/11/26	Dynamical analysis of protein simulations by using two-step relaxation mode analysis（第54回日本生物物理学会年会 The 54th Annual Meeting of the BSJ）
12.	2016/11/26	Relaxation mode analysis for long time simulations of proteins（第54回日本生物物理学会年会）
13.	2016/09/14	分子動力学法を用いたタンパク質の緩和モード解析II（日本物理学会2016年秋季大会）
14.	2016/07/18	Two-step relaxation mode analysis with multiple evolution times of an all-atom molecular dynamics simulation of a protein（International union of pure and applied physics 26th international conference on statistical physics）
15.	2016/06/09	改良された緩和モード解析によるたんぱく質シミュレーションの動的解析（第16回日本蛋白質科学会年会）
16.	2016/06/09	緩和モード解析による蛋白質のダイナミクスの解析（第16回日本蛋白質科学会年会）
17.	2016/03/19	分子動力を用いたタンパク質の緩和モード解析（日本物理学会　第71回年次大会2016年）
18.	2016/03/19	生体分子における構造変化遷移レートのマイルストーン法を用いた計算（日本物理学会　第71回年次大会2016年）
19.	2016/03/02	Investigating kinetics of conformational change using molecular dynamics and milestoning（Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016）
20.	2016/02/29	Relaxation mode analysis for protein simulations（Biophysical Society 60th Annual Meeting 2016）
21.	2015/09/19	小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モードIV（日本物理学会 2015年秋季大会）
22.	2015/09/15	緩和モード解析による蛋白質の動的性質の研究（第53回日本生物物理学会年会）
23.	2015/09/14	緩和モード解析による転移温度付近の10残基のシニョリンのダイナミクス（第53回日本生物物理学会年会）
24.	2015/08/08	タンパク質系の緩和モード解析（第14回関東ソフトマター研究会）
25.	2015/06/25	緩和モード解析を用いた蛋白質のダイナミクスの研究（第15回日本蛋白質科学会年会）
26.	2015/03/23	シニョリンの構造安定性解析II（日本物理学会年会）
27.	2015/03/23	小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析III（日本物理学会年会）
28.	2015/03/17	Dynamics of 10-residue peptide, chignolin at a transition temperature, studied by relaxation mode analysis（Global Environmental System Leaders (GESL) Workshop : Molecular Simulation）
29.	2014/11/13	緩和モード解析によるシニョリンの動的解析性質（分子シミュレーション討論会）
30.	2014/11/12	剛体球参照系を用いた密度汎関数理論に基づく新しい溶媒和自由エネルギー表式（分子シミュレーション討論会）
31.	2014/11/10	Analysis for the structural stability of chignolin（Nose30 International Symposium 2014）
32.	2014/11/10	Exploring Free Energy Surfaces with Generalized-ensemble Algorithms（Nose30 International Symposium 2014）
33.	2014/09/25	Relaxation Mode Analysis of Chignolin at Transition Temperature（The 52nd Annual Meeting of the BSJ）
34.	2014/09/19	Effective Sampling Algorithms and Analysis Methods for Protein Simulations（The 14th KIAS Conference on Protein Structure and Function）
35.	2014/09/08	シニョリンの構造安定性解析（日本物理学会秋季大会）
36.	2014/08/19	分子シミュレーションを用いた蛋白質系の緩和モード解析（第１３回ソフトマター研究会）
37.	2014/06/25	MD/3D-RISM法によるシニョリン蛋白質の折畳み解析（日本蛋白質科学会年会）
38.	2014/06/25	緩和モード解析によるシニョリンの動的性質（蛋白質科学会年会）
39.	2014/03/30	低温におけるウマのアポミオグロビンの分子動力学シミュレーション（日本物理学会　第69回年次大会）
40.	2014/03/30	小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析II（日本物理学会　第69回年次大会(2014)）
41.	2014/03/15	Dynamics of Chignolin Studied by Relaxation Mode Analysis（Nagoya Symposium on Depletion Forces: Celebrating the 60th Anniversary of the Asakura-Oosawa Theory (2014)）
42.	2014/02/17	Relaxation Mode Analysis for a Peptide（The Biophysical Society 58th Annual Meeting (2014)）
43.	2014/01/11	Relaxation Mode Analysis for Simulations of Proteins（The 2nd international symposium "Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions" (2014)）
44.	2013/11/20	Effective Sampling Algorithms and Analysis Methods for Protein Simulations（3rd International Conference on Molecular Simulation (2013)）
45.	2013/11/19	Relaxation Mode Analysis for Biomolecules（3rd International Conference on Molecular Simulation (2013)）
46.	2013/10/03	多変数拡張アンサンブル法とその応用（計算統計物理学第4回研究会）
47.	2013/09/28	小蛋白質の分子シミュレーションでの緩和モード解析（日本物理学会秋季大会）
48.	2013/06	分子シミュレーションによる相同タンパク質の構造ゆらぎの静的・動的性質（第13回日本蛋白質科学会年会）
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■ 学歴

1.	1991/04～1995/03	奈良女子大学理学部物理学科修了
2.	1995/04～1997/03	奈良女子大学理学研究科物理学専攻修士課程修了
3.	1996/04～1997/03	岡崎国立共同研究機構分子科学研究所
4.	1997/04～1999/09	総合研究大学院大学（総研大）数物科学研究科博士課程修了博士（理学）

■ 職歴

1.	1997/04～1997/09	豊田工業大学非常勤講師
2.	1998/04～1999/09	総合研究大学院大学（分子科学研究所）日本学術振興会特別研究員（DC2）
3.	1999/10～2000/03	総合研究大学院大学（分子科学研究所）日本学術振興会特別研究員（PD: DC2 の残期間）
4.	2000/04～2001/03	分子科学研究所日本学術振興会未来開拓学術研究推進事業リサーチ・アソシエイト（博士研究員）
5.	2001/04～2007/03	慶應義塾大学理工学部物理学科助手
6.	2006/04～2007/03	米国スクリプス研究所訪問研究員（サバティカル）
7.	2007/04～2012/03	慶應義塾大学理工学部物理学科
8.	2013/10～2017/03	慶應義塾大学さきがけ研究員（併任）
9.	2014/04～2018/03	慶應義塾大学理工学部物理学科専任講師
10.	2018/04～	明治大学理工学部物理学科准教授
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■ 所属学会

1.	2008/02～	日本物理学会
2.	2013/04～2014/03	∟ 領域１２領域運営委員
3.	2004/04～	分子シミュレーション研究会
4.	2011/01～2011/12	∟ ２５回分子シミュレーション討論会実行委員
5.	2018/12～	∟ 幹事
6.	2002/06～	日本蛋白質科学会
7.	2005/04～2007/03	∟ 理事
8.	2009/04～2012/03	∟ 理事
9.	2020/06～	∟ 理事
10.	1998/10～	日本生物物理学会
11.	2010/01～2011/12	∟ 編集委員
12.	2011～2012	∟ 代議員
13.	2012	∟ 分野別専門委員
14.	2015/06～2019/06	∟ 理事（庶務担当）
15.	1996/04～2004/12	日本物理学会
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■ 研究課題・受託研究・科研費

1.	2020/04～	アミノ酸置換による安定性・機能変化評価計算システムの構築と応用基盤B
2.	2013/10～2017/03	緩和モード解析によるタンパク質構造ダイナミクスの解明さきがけ（個人）
3.	2013/04～2014/03	緩和モード解析による蛋白質の構造揺らぎの動的特徴機関内共同研究
4.	2010/04～2015/03	多自由度・大規模系における反応と構造空間探索新学術領域研究(研究領域提案型) （キーワード：分子科学, 蛋白質, 計算物理, 分子シミュレーション, 電子状態計算, 生物物理）
5.	2006～2007	拡張アンサンブル法による生体高分子系のシミュレーション特定領域研究（キーワード：蛋白質, シミュレーション, 解析手法, 高分子, 溶媒効果）
6.	2004	RISM理論により溶媒効果を取り入れた第一原理からのタンパク質の立体構造予測特定領域研究（キーワード：シミュレーティッド・テンパリング法, シミュレーション, レプリカ交換法, 水和, RISM理論, 拡張アンサンブル法, 構造予測, タンパク質のフォールディング）
7.	2004～2005	拡張アンサンブル法によるタンパク質系のフォールディングシミュレーション特定領域研究（キーワード：液体論, タンパク質, モンテカルロ法, レプリカ交換, RISM理論, 拡張アンサンブル法, 分子動力学, シミュレーティッド・テンパリング）
8.	2003	RISM理論により溶媒効果を取り入れた第一原理からのタンパク質の立体構造予測特定領域研究（キーワード：シミュレーティッド・テンパリング法, シミュレーション, レプリカ交換法, 水和, RISM理論, 拡張アンサンブル法, 構造予測, タンパク質のフォールディング）
9.	2002～2004	拡張アンサンブルシミュレーションを用いた小タンパク質の巻き戻り問題の研究若手研究(B) （キーワード：シミュレーティッド・テンパリング法, タンパク質のフォールデング, モンテカルロ法, シミュレーション, 分子動力学法, レプリカ交換法, 水和, RISM理論, 拡張アンサンブル法, 構造予測, タンパク質のフォールディング）
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■ 受賞学術賞

1.	2013/11	分子シミュレーション研究会学術賞 (多次元焼き戻し法の開発及び緩和モード解析とWHAM法の一般化による構造解析法の開発)
2.	2013/03	日本物理学会第7回物理学会若手奨励賞（領域12） (生体分子系で有効な拡張アンサンブル法及び構造解析法の開発)

■ 現在の専門分野

生物物理学, 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理　（キーワード：生物物理、計算物理、計算化学、分子シミュレーション）